Hovedkonfigurasjonen av EDI-moduler dreier seg vanligvis om tre områder: kommunikasjonsinteroperabilitet, databehandling og forretningssamarbeid. Dette sikrer stabil og nøyaktig utveksling av forretningsdata mellom ulike bedriftssystemer. I praksis blir disse konfigurasjonene vanligvis fullført innenfor en integrasjonsplattform eller mellomvare, og tilpasset i henhold til kravene til ulike partnere.
Konfigurasjon av kommunikasjonslag fokuserer på å angi interoperabilitetsmetoden og sikkerhetsparametere, for eksempel bruk av overføringsprotokoller som AS2-, SFTP- eller VAN-nettverk. Det krever også konfigurering av identifikasjonsinformasjon (Partner ID), sertifikater, krypteringsmetoder og signaturregler for begge kommuniserende parter for å sikre datasikkerhet og integritet under overføring. Videre faller meldingskøinnstillinger, mekanismer for gjenforsøk og tidsavbrudd også inn under denne delen, som brukes til å forbedre overføringspåliteligheten.
Data- og forretningskonfigurasjon inkluderer hovedsakelig meldingstypedefinisjoner, felttilordningsregler og formatkonverteringsregler. Datastrukturer er ofte forskjellige mellom bedrifter, så kartkonfigurasjoner er nødvendig for å kartlegge interne systemfelt til EDI-standardfelt. Forretningsutløsende regler er også konfigurert, for eksempel ordregenerering, tilbakemeldinger om forsendelser eller avstemmingssykluser, som gjør at EDI-datautveksling kan bygges inn i spesifikke forretningsprosesser.